Parmi les spécificités propres au régime micro-BNC, on note que l’indépendant peut désormais être soumis à la TVA. Les professionnels au régime micro-BNC sont concernés par le rehaussement des seuils de chiffre d’affaire à 70 000€ HT mais la franchise en base de TVA reste, elle, à 33 200€ HT. En ce qui concerne l’impôt sur le revenu, ils profitent d’un abattement fiscal fixe de 34% sur ses recettes encaissées. Cet abattement correspond à leurs charges professionnelles.
Dans le cas des micro-BNC pouvant se déclarer comme auto-entrepreneurs, les indépendants peuvent opter pour le versement libératoire de l’impôt sur le revenu pour leur micro-entreprise (2,2% du montant des recettes annuelles de l’activité). Toutefois, l’indépendant doit tenir compte de sa situation fiscale personnelle avant d’opter pour le versement libératoire.
Par ailleurs, la perte de la franchise en base de la TVA n'entraine pas la perte du régime micro BNC.